Um die Sieg kümmert sich die Bezirksregierung Köln, für die Agger und die Bachläufe in Altenrath ist der Aggerverband zuständig. Die Stadt Troisdorf kümmert sich um stehende Gewässer wie den Rotter See sowie um Teiche im Zuge von Fließgewässern – etwa die Teiche in öffentlichen Grünflächen, den Teich im Waldfriedhof und den Graben rund um die Burg Wissem.
Die Bäche sind nach Wasserhaushaltsgesetz „so zu bewirtschaften, dass sie dem Wohl der Allgemeinheit dienen, vermeidbare Beeinträchtigungen ihrer ökologischen Funktionen und der direkt von ihnen abhängenden Landökosysteme und Feuchtgebiete im Hinblick auf deren Wasserhaushalt unterbleiben und damit insgesamt eine nachhaltige Entwicklung gewährleistet wird“. Die Bäche sind so zu bewirtschaften, dass eine Verschlechterung ihres ökologischen und ihres chemischen Zustands vermieden wird und ein guter ökologischer und chemischer Zustand erhalten bleibt oder erreicht wird.
Die Bäche in Troisdorf sind für die Stadt und die Menschen von vielfältiger Bedeutung.
Sie entwässern die Landschaft, nehmen Regenwasser auf, das sie in Sieg, Agger und Rhein führen. Zugleich sind sie Naturraum, Lebensraum für Pflanzen und Tiere, Erholungsraum für Menschen und dienen wie im Fall des Sieglarer Mühlengrabens zur Kühlung von Industrieanlagen. Für den Abwasserbetrieb bedeutet das, dass er eine Vielzahl von Aufgaben bei der Gewässerpflege zu erfüllen hat.
Das fängt mit dem Ziel einer hohen Wasserqualität an, reicht über die Schaffung von hochwertigen Lebensräumen für Tiere und Pflanzen bis hin zum Hochwasserschutz durch die Gewährleistung der Fließgeschwindigkeit in den Gewässern.
Obwohl der Sieglarer Mühlengraben ein künstliches Fließgewässer ist, hat er unter den Bächen in Troisdorf die größte Bedeutung – und benötigt auch den höchsten Pflegeaufwand. Der Mühlengraben gehört zu den Gewässern, die von der Europäischen Wasserrahmenrichtlinie (WRRL) erfasst werden, die im Jahr 2000 in Kraft trat. Die Richtlinie hat das Ziel, bis spätestens 2027 einen guten ökologischen und chemischen Zustand der betroffenen Fließgewässer zu erreichen. Für den künstlich angelegten Mühlengraben bedeutet das einen erheblichen Renaturierungs- und Pflegebedarf.
Das Gewässer wird von der Agger in Höhe der Mannstaedt-Werke abgeleitet, verläuft sechs Kilometer parallel zur Sieg durch Friedrich-Wilhelmshütte, Sieglar, Eschmar und Müllekoven und mündet nach Durchquerung des Hochwasserschutzdeiches an der Siegfähre in die Sieg.
Der Mühlengraben wurde hinsichtlich seines ökologischen Zustand als auch seines ökologischen Potentials als unbefriedigend eingestuft. Sein chemischer Zustand ist als „nicht gut“ dokumentiert, da er durch den historischen Bergbau im Sülz- /Aggergebiet mit Zink belastet ist. Zudem ist das schon vor Jahrhunderten künstlich angelegte Flussbett in Teilen betoniert. So durchquert er im Oberlauf in einem geschlossenen Betonbett die Mannstadt-Werke und wird dort zur Kühlung in der Stahlverarbeitung genutzt.
Jedes Jahr werden erhebliche Mittel in die Pflege und ökologische Verbesserung des Mühlenbaches investiert. Das Ziel ist es, entlang des Mühlengrabens einen intakten Gehölzsaum mit standortgerechten Bäumen und Strauchwerk zu etablieren, wie er bereits schon auf einer Länge von ca. 1 km unterhalb der Eschmarer Mühle vorhanden ist. Die durch einen intakten Gehölzsaum hervorgerufene Beschattung verhindert zum einen eine weitere Aufheizung des Baches und bietet zum anderen wertevolle Lebensräume für die heimische Flora und Fauna.
Aktuell wird ein Konzept erarbeitet, wie im Rahmen der jährlich durchzuführenden Gewässerunterhaltungsmaßnahmen eine naturnahe Entsedimentierung des Mühlengrabens gewährleistet werden kann, um bislang mit erheblichen Eingriffen und Kosten verbundene Entschlammungsmaßnahmen an den Schützen und Wehren des Mühlengrabens überflüssig zu machen.
Der Asselbach entspringt im Spicher Wald unterhalb der Deponie. Während der Bach im Wald offen und naturnah verläuft, wird er zwischen der Waldstraße und der Straße Am Senkelsgraben durch Rohre geführt. Im Zuge der anstehenden Kanalsanierung ist beabsichtigt, den Asselbach zwischen Waldstraße und Brückenstraße künftig offen durch den Burgpark zu leiten.
Bei dem sich anschließenden offenen Abschnitt, der landläufig als Senkelsgraben bezeichnet wird, handelt es sich auch um den Asselbach, der ab der Kölner Stadtgrenze dann die Bezeichnung Ostgraben trägt.Über den so genannten Rheinkanal I mündet der Ostgraben und damit auch der Asselbach bei Zündorf in den Rhein.
Der Scheuerbach verläuft auf Troisdorfer Stadtgebiet im öffentlich nicht zugänglichen militärischen Bereich der Wahner Heide. Auf Kölner Stadtgebiet fließt er ab der Luftwaffenkaserne durch Rohre und mündet anschließend in den Rheinkanal I des Wasser- und Bodenverbandes Wahn.
Der Katzbach verläuft östlich des Gewerbegebiets Camp Spich im nicht öffentlichen Teil der Wahner Heide. Zu Zeiten der Belgischen Kaserne war der Bach zum großen Teil verrohrt. Im Zuge der Neuerschließung wurden die Rohre beseitigt und der Bach in einem neuen, naturnahmen Bett um das Baugebiet herumgeführt. Die Renaturierung des Baches wurde 2017 abgeschlossen. Allerdings führt der Katzbach nur nach starken Regenfällen Wasser. Geringere Wassermengen versickern im Bachbett.
Der Heimbach entspringt in der Wahner Heide. Oberhalb des Leyenweihers trennen sich Heimbach und Leyenbach. Der Heimbach verläuft auf dem Gelände des Waldfriedhofs bis auf den zentralen Teich in Rohren. Er mündet schließlich in den Burggraben der Burg Wissem. Von dort wird das Wasser von einer Pumpstation des Abwasserbetriebes Troisdorf über eine Druckleitung zum Aggerstadion gefördert und dort in den Leyenbach eingeleitet.
Mitten im Troisdorfer Waldpark entspringt der Manzbach, der schon nach kurzer Wegstrecke in den Burggraben der Burg Wissem mündet. Im Waldpark fließt der Manzbach in einem natürlichen und ökologisch wertvollen Bachbett. Das ändert sich in der anschließenden Teichanlage im Waldpark. Die Teiche sind künstlich mit Betonsteinen und Rasengittersteinen eingefasst und bieten keine natürlichen Uferbereiche. Die Teiche sind verschlammt. Durch die Bäume und die Fütterung der Wasservögel durch Passanten wird die Wasserqualität durch Blätter, Brot und Tierkot beeinträchtigt. Die Teiche haben derzeit nur geringe ökologische Bedeutung. Eine Sanierung der Teichanlage oder auch die Möglichkeit des Rückbaus der Teichanlage und der Wiederherstellung eines naturnahen Bachlaufes wird zurzeit geprüft.
Von der Teichanlage aus fließt der Manzbach größtenteils unterirdisch im Rohr zur Burg Wissem.
Der Annonisbach hat einen kurzen offenen Abschnitt nur noch auf dem Gelände der früheren Dynamit Nobel und wird dann in den Siegkanal abgeleitet. Der Bach hat deshalb keine Bedeutung als öffentliches Gewässer.